El Fondo Pontificia Universidad Javeriana está conformado por archivos de la Universidad producidos desde el periodo colonial hasta la actualidad. En él se encuentran documentos concernientes a la historia de la Universidad en su primera época, sobre el extrañamiento y restablecimiento de la Compañía de Jesús en Colombia y de la Universidad Javeriana en su segunda época. El acervo documental se encuentra organizado en tres agrupaciones de acuerdo con la historia de la Universidad de la siguiente forma: 

• Javeriana Colonial, que reúne la documentación desde el establecimiento de la Universidad en el Nuevo Reino de Granada en 1623, con sus antecedentes. 
• Extrañamiento de la Compañía de Jesús, conformada por la documentación producida desde la expulsión de la Compañía en 1767, documentación del siglo XIX y los comienzos del siglo XX. 
• Javeriana Contemporánea, compuesta por la documentación producida por la Universidad desde su restablecimiento en 1930 hasta la actualidad   

La documentación que se encuentra en el Archivo Histórico Javeriano, se ha clasificado en Fondos y Colecciones. Hasta el momento, se cuentan con once fondos y una colección. Algunos de ellos contienen divisiones, como es el caso del Fondo Pontificia Universidad Javeriana, Fondo Achury Valenzuela y Colecciones.

El Fondo Pontificia Universidad Javeriana fue distribuido en tres divisiones, según los períodos históricos de la universidad: Primera Época-Colonia (1604-1767), Época Intermedia (1767-1929) y Segunda Época-República (1930-a la actualidad). A pesar que el fondo contiene material de carácter institucional y de la Compañía de Jesús, también es posible encontrar documentación de carácter político, económico y social del país.

Otros Fondos,  lo constituyen documentos donados al Archivo Histórico Javeriano por Jesuitas, miembros de la Comunidad Educativa Javeriana, familias, personajes e instituciones y cuyo contenido es relevante para la investigación del país y América Latina.

Por último, Colecciones se encuentra distribuida en siete divisiones: Colección planos y cartografía; Colección patrimonio cultural, arte y museo; Colección emblemas, símbolos y condecoraciones; Colección fotográfica; Colección centro de documentos javerianos y Colección biblioteca de historia y referencia.

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